10戦全勝の金字塔
8年秋、戦後最速の優勝
木塚が、明東戦でノーヒットノーラン
平成８年は明大当番校。４月１１日の理事会で神宮球場にもスピード表示板をつけることを決定、早速採用した。
また六大学の活性化を図る一環として地方都市での試合を考えてきたが、岐阜県が全県あげて推進していた「スポーツ王国・ぎふ」づくりとタイアップし、岐阜県長良川球場で連盟史上初の地方トーナメント大会を開くとともに、六大学を岐阜高野連指導による交流会、また審判講演会、高校、中等等各野球教室、野球トレーニング法講演会などの行事を行い、大いに成果をあげた。なおトーナメントは佐藤のサヨナラ安打で明大は優勝した。
春のリーグ戦は４位と予想外の結果。明大らしくねばりがなかったのが敗因。
秋のリーグ戦は第１週に伝統の慶明戦が組まれた。１回戦を川上で獲り、２回戦を小笠原－巴田のリレーで連勝して勢いに乗り、明立戦もストレート勝ち。明法戦は２試合とも完封。明東戦も文句なく連勝して、リーグ戦全勝の全勝優勝を成し遂げた。
また開幕から８連勝、第５週で優勝を決めたのは戦後最速だし、１０月２６日の明東１回戦の勝利で通算９００勝。
秋のリーグ戦では２シーズン目の荒井監督が早くも完全にチームを掌握。大胆な選手起用も目立った。
エース川上は復調、４勝無敗、防御率０・６１．小笠原も５勝無敗で防御率１・５９．なししろチーム防御率が０・８９だから全勝優勝もむべかるかな。打っては首位打者(４割１分２厘)になった、鷲北、１０打点も叩き出した筒井、橿渕などの活躍でチーム打率も２割８分７厘をマーク。勝つべくして勝った優勝だった。
明治神宮大会は朝日大(中部地区)愛知工業大(愛知大学)東北福祉大(北海道・東北地区)を破って２年連続優勝。なお明大の４度目の優勝は大会最多だ。
神宮大会の優勝で再び台湾に遠征。また６月２２日から東海大とロシア遠征。
平成９年春のリーグ戦は、開幕の明立戦で勝ち点を落としたことが響いた。その後立ち直り、残りカードに勝ち点を取ったものの、２敗の差で慶大に優勝を奪われてしまった。小笠原が、明東２回戦に１８奪三振の歴代２位の記録を作った。
秋のリーグ戦の１０月１４日明立４回戦の９回に両チームの乱闘事件が起こった。
六大学野球連盟は翌１５日に緊急理事会を開き、寺島部長、別府総監督の辞任、５人の選手は謹慎することとなった。
３割８分５厘で首位打者になった高松がベストナインに選ばれ、成績は勝ち点３、５割３分８厘で４位に終わった。
平成１０年春のリーグ戦は終わってみれば勝ち点５の完全優勝だが、その道のりは険しいものがあった。巴田、小笠原、木塚の投手力に助けられて辛うじて勝ち点をとり、明立戦も決勝戦まで持ち込まれた。打ち合いになった早明戦を連勝して３０回目の優勝をつかんだ。
全日本大学選手権は２回戦で青森大に敗れた。
秋のリーグ戦は第４週の明法戦で勝ち点を落としたことが、それも連敗したことが祟った。
なお２月２８日から米国遠征している。
平成１１年は春、秋とも４位に終わった。もともと攻撃より、投手力に頼るチームだけに春は本調子でなかった。木塚が４勝１敗、防御率２・２５。秋も木塚、山田両投手の調子が整わず開幕から４連敗したのがすべてだった。それでも木塚は明東１回戦に史上１８人目のノーヒットノーランを記録したのはあっぱれ。
平成１２年の春のリーグ戦は、緒戦の早明戦で勝ち点を落としたことが響き、結局は優勝した法大と同じ勝ち点４だが、負け数が１つ多くて２位に甘んじた。ハイライトは慶明戦に勝ち点を取って１５シーズン連続して慶大から勝ち点を奪った。
秋は５位に甘んじ、明立１回戦に野田が先頭打者ホームランを打った。